还有半年多，就要离开熟悉的校园，开始工作了。即便是此时，好多像我一样要离开大学的人对社会的了解还是不多的。对自己的人生选择亦是不明确，找不到人生的方向。我们总是在羡慕别人找到一份满意的工作，不一定是喜欢的，却不能给出自己的答案。果真如徐大美女说的，“工作找个自己喜欢的”。
问题是你有足够的勇气跳槽吗？黄健翔的跳槽炒作的风风火火的。我当时就有怀疑，他凭什么一年有所谓的几千万的身价，离开了央视就能有新的东家，从凤凰台被炒，更不看好他的钱途了。直到07年春节，看到了山东台和其他频道上的ESPN的联播平台，就想，这里应该有他的位子吧。从今年开始，欧洲杯更想看他的评球，在网上的TV直播中也能找到他，而且还有杂志，电视台的走穴等等，走出央视，也别有一片天空。当初是看走了眼。
上周一个中科院的老师过来作报告说，出国之后从来没有想过回来，但是4年前回国后，现在学术上崭露头角，开创了一个研究室，做很好的研究。我想，工作是从来不愁的。关键是你有没有准备好，合适某个岗位，找到自己的位置，确立好自己的方向。
自信的人（自诩的），或者说乐观的人，总是会被一些事故的言论惊出一身冷汗。直到看到丽丽老师的QQ空间中的帖子。我相信不是她写的，可能是总哪里转载来的。或者是王希军写的，对，就是他一贯的笔调。
也借此反省一下：
1.学习是不够的。从上研究生开始就不怎么主动的学习了。本科时多么的上进都是千秋古史了。文献没看几篇，聊天的时候却可以夸夸而谈的吹嘘一下。看书是有必要的，同时少上网，多看文献。英语学习也只限于文献学习了，一举两得，多啃些文献，加强学习。
2.工作还是不用愁的。只要你找准自己的方向，努力的完善自己，并为了这个目标坚定不移的努力。
3.老师和学生的关系。老师和学生的关系是很微妙的。本科时的老师大都是不那么令人喜欢的。我记得在莱农林书记对我说的一句话是：“今天你以莱农为荣，明天莱农以你为荣” 。为我们灌输的永远是莱农这么美好，你们怎么没有发现美的眼睛呢…… 一定要有，没有也要变出来。在前不久的和大学老师的聚会上，听老师们讲，我们都是洗耳恭听，还是老样子。老师就不能听听学生的声音吗？不可能的，那个氛围我现在想起来也不寒而栗。我当然也不是否认过去，肯定现在，不过人都在向前走，回首过去，总是有比较的吧。一比较，我就想起和“你所不知道的事”相同风格的一个老师，他说兽医的人没有当官的，我们当时都不服气。事实上，这位鼠目寸光的老师，看看吧，东农的校长是兽医的，川农的校长是兽医的，如果那位校友见到王老师，一定要转告他。
现在看和老师的关系。我更愿意占到老师的角度上。文革时期老师是“臭老九”，没钱没有地位，现在的情况就诸如文中所言吧。“蜡炬成灰泪始干”本来是形容爱情的，被借来形容老师本身就是不匹配的。金钱的诱惑对人都是有的。我等又何尝不是呢？不管是“商化”还是“官化”都是无可厚非的。人分九等，老师们中间有谦谦君子，也有卑鄙小人。
校园的爱情不也非常美好吗，我们的同学中有如此的伴侣也证明了这一点。只要心中有爱，追逐吾爱，工作，爱情，事业都会美好的。
Living the life we love, loving the life we live.
活好当下！
星期日, 十二月 14, 2008
星期五, 十二月 05, 2008
单分子DNA测序仪
之前就看到DNA测序技术改进的文章，在science&nature上的报道，后来没有关注就不记得了。直到看到Helicos公司在youtube上的视频后，对这项技术有了认识。相关的一些报道，对单分子DNA测序的再研发进行了报道，从最初的读5个碱基改进读25bp。从事生物科学天才的冒险家对技术不止的追求和商业应用的完美结合必将测序技术载入一个新的时代。
图示测序步骤：（图片太大，点击在新窗口看大图）
还有一个疑惑的问题，就是如何将25-30bp的片段拼接起来。在Helicos网站上介绍开发了一种称为“ dynamic programming alignment tools”的软件优化单分子DNA测序的结果。为了提高对测序结果拼接的灵活性，该软件采用三种算法：Needleman-Wunsch，Smith-Waterman和A “hybrid” type combining features of global and local alignment schemes。
与现在ABI3730比较，测序公司30-50元/反应收费，一般要3-5天收到测序结果。在技术层面上划时代的进步，其商业应用的前景也十分看好。但一台仪器135万US dollar非常昂贵。
Science上的全文链接：
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/320/5872/106?ijkey=2qQYHiFdcAKLU&keytype=ref&siteid=sci
Helicos High Speed Gene Sequencing的视频：
科学网的报道：
美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的《科学》（Science）上。
图示测序步骤：（图片太大，点击在新窗口看大图）
还有一个疑惑的问题，就是如何将25-30bp的片段拼接起来。在Helicos网站上介绍开发了一种称为“ dynamic programming alignment tools”的软件优化单分子DNA测序的结果。为了提高对测序结果拼接的灵活性，该软件采用三种算法：Needleman-Wunsch，Smith-Waterman和A “hybrid” type combining features of global and local alignment schemes。
与现在ABI3730比较，测序公司30-50元/反应收费，一般要3-5天收到测序结果。在技术层面上划时代的进步，其商业应用的前景也十分看好。但一台仪器135万US dollar非常昂贵。
Science上的全文链接：
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/320/5872/106?ijkey=2qQYHiFdcAKLU&keytype=ref&siteid=sci
Helicos High Speed Gene Sequencing的视频：
科学网的报道：
美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的《科学》（Science）上。
传统上，在测序之前，要先对DNA链进行扩增。这一过程往往会引入错误，并且对某些DNA片断来说无法很好地实现，从而使得对整个基因组进行测序变得尤为困难。
Helicos BioSciences公司以病毒M13为实验对象，首先将它的基因组截成小的片断，用一种酶将短小DNA标签附于每个片断的末端，在适当的位置锚定 DNA片断。之后加入DNA复制酶和带有荧光标签的碱基或碱基对。当荧光DNA形成链时，就用相机拍下每个新加上的碱基对。
这一新方法称为“合成测序”，原则上与其它一些方法相同。不同之处在于，其它一些方法需要同时测序数千个相同的基因组片断以使信号足够“明亮”，新方法能够侦测到单个碱基的荧光。
新方法避开了繁琐的扩增过程，将能大大降低测序的时间和成本。Helicos BioSciences公司估计，新仪器能够用8周的时间测序一个人的基因组，代价是7万2000美元，而仪器本身则价值135万美元。
美国能源部联合基因组研究所主任Edward Rubin说：“这太酷了！最终，单分子测序将成为通行的方法。”
新的发现无疑又朝着1000美元/人的宏伟基因组测序计划迈近了坚实的一步。论文第一作者Timothy Harris认为，这一目标将会在5年以内实现。（科学网 梅进/编译）
（《科学》（Science），Vol. 320. no. 5872, pp. 106 – 109，Timothy D. Harris，Zheng Xie）
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